Frente a este difícil cuadro de situación, San Martín identificó los objetivos que se debían lograr para vencer a los colonialistas y estableció la estrategia a seguir para conquistarlos.
En lo político, debía asegurarse un mínimo de respaldo en el seno del gobierno de Buenos Aires, sin lo cual no tendría marco apropiado para el resto de las tareas que debía cumplir.
Así, intervino directamente en la destitución del Primer Triunvirato y su reemplazo por otro, más cercano a sus proyectos, y presionó para imponer la Declaración de Independencia a todos esos sujetos calculadores e indecisos que ocupaban el gobierno.
En lo militar, la importante victoria en "San Lorenzo" eliminó definitivamente el peligro de las incursiones españolas por la cuenca del Río de la Plata; además, habló con Martín Miguel de Güemes y con Manuel Belgrano para que se hicieran responsables ante él de impedir como fuera necesaria la penetración de los ejércitos enemigos por el norte argentino.
Contenidas las tropas colonialistas que presionaban por llegar desde el Alto Perú (Bolivia), San Martín se podría dedicar a organizar el "Ejército de Los Andes" para cruzar la cordillera y dirigirse a Lima, centro del poder español en América. Solucionados estos dos aspectos, le faltaba uno que era, tal vez, el más complicado: consolidar el frente interno de la Revolución en el Río de la Plata, poniendo fin o por lo menos obligando a postergar la guerra civil entre Buenos Aires y los caudillos de las provincias.
Para ello, estableció contacto directo con José Artigas y con Estanislao López (los principales caudillos federales) para convencerlos de la necesidad de no pelear entre hermanos y de ocuparse del enemigo español.
San Martín escribió a Estanislao López lo siguiente: "Paisano y muy señor mío: el que escribe a usted no tiene más interés que la felicidad de la Patria. Unámonos paisano mío, para batir a los maturrangos que nos amenazan; divididos seremos esclavos, unidos estoy seguro que los batiremos. Hagamos un esfuerzo de patriotismo, depongamos resentimientos particulares y concluyamos nuestra obra con honor. La sangre americana que se vierte es muy preciosa, y debía emplearse contra los enemigos que quieren subyugarnos. Unámonos, repito, paisano mío. El verdadero patriotismo en mi opinión consiste en hacer sacrificios; hagámoslos, y la Patria sin duda alguna es libre, de lo contrario seremos amarrados al carro de la esclavitud. Mi sable jamás saldrá de la vaina por opiniones políticas.En fin paisano, transemos nuestras diferencias; unámonos para batir a los maturrangos que nos amenazan, y después nos queda tiempo para concluir de cualquier modo nuestros disgustos, en los términos que hallemos por convenientes, sin que haya un tercero en discordia que nos esclavice...". (José de San Martín).
El Libertador escribió a José Artigas en estos términos: "Mi más apreciable paisano y señor: no puedo ni debo analizar las causas de esta guerra entre hermanos. Y lo más sensible es que siendo todos de iguales opiniones en sus principios, es decir, de la emancipación e independencia absoluta de la España. Pero sean cuales fueran las causas, creo que debemos cortar toda diferencia y dedicarnos a la destrucción de nuestros enemigos, los españoles, quedándonos tiempo para transar nuestras desavenencias como nos acomode, sin que haya un tercero en discordia que pueda aprovecharse de estas críticas circunstancias. Cada gota de sangre americana que se vierte por nuestros disgustos me llega al corazón. No tengo más pretensión que la felicidad de la Patria; en el momento en que ésta se vea libre renunciaré el empleo que obtenga para retirarme, teniendo el consuelo de ver a mis conciudadanos libres e independientes...". (José de San Martín).
En cuanto a la actitud de San Martín frente a la elite porteña, fue clara y contundente: los hombres de Buenos Aires estaban más preocupados por lograr imponerse a las provincias, en una cuestión de disputa doméstica, que de contribuir a la Emancipación del continente.
Por ello, cuando se vieron en dificultades para alcanzar sus objetivos, tuvieron el atrevimiento de pretender ordenarle al Libertador que retornara de Chile y utilizara el Ejército de los Andes para sus propios fines en la vergonzosa guerra civil, en lugar de que siguiera al Perú y enfrentara a los españoles.
El Gran Capitán directamente desobedeció la orden y desvinculó al Ejército Libertador del gobierno de Buenos Aires, tras lo cual marchó al Perú, pasando por encima de las pretendidas órdenes de un grupo de traidores que le hacía el juego a los intereses de España y también de Inglaterra.
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